Los motivos del secuestrador no estuvieron claros de inmediato, pero el presidente de Chipre, Nicos Anastasiades, dijo que el incidente «no tiene que ver con terrorismo». Un funcionario del gobierno chipriota, que habló bajo condición de anonimato al tratarse de una investigación en marcha, apuntó que el captor «parece (estar) enamorado».
Durante una conferencia de prensa junto al presidente del Parlamento Europeo, Martin Schulz, en Nicosia, periodistas preguntaron a Anastasiades si podía confirmar que el incidente tenía que ver con una mujer. «Siempre hay una mujer» implicada, respondió, provocando carcajadas.
Un responsable de aviación civil, que tampoco quiso ser identificado porque no estaba autorizado a revelar detalles de las pesquisas, dijo que el hombre dio a los negociadores el nombre de una mujer que vive en Chipre y pidió que se le entregue un sobre. No está claro qué tipo de relación mantienen.
El vuelo MS181 despegó de la ciudad costera de Alejandría, en el Mediterráneo, en dirección a la capital egipcia, El Cairo, con al menos 55 pasajeros — 26 de ellos extranjeros — y siete miembros de la tripulación.
El avión parecía volar con normalidad, dijo un miembro del sitio web de monitoreo de vuelos FlightRadar24. El trayecto entre Alejandría y El Cairo suele durar unos 30 minutos.
La identidad del secuestrador generó alguna confusión. En una conferencia de prensa en El Cairo, el ministro de Aviación Civil del país, Sharif Fathi, rechazó identificarlo.
Antes, el portavoz del gobierno egipcio, Hossam al-Queish, dijo que el captor era Ibrahim Samaha, pero una mujer egipcia que se identificó como la esposa de Samaha explicó que su marido no era el secuestrador y que estaba viajando a El Cairo para poder volar después a Estados Unidos para asistir a una conferencia.
La mujer, que se identificó como Nahla, contó a la televisora privada ONTV por teléfono que su marido nunca había estado en Chipre y que la fotografía mostrada por televisiones egipcias y regionales que supuestamente mostraba al captor no era él. Más tarde, la agencia de noticias oficial Middle East News Agency dio un nombre distinto para el secuestrador.
Al-Queish, el vocero del gobierno egipcio, dijo además a la televisora privada CBC que las autoridades no podían confirmar que el secuestrador portase explosivos. Un comunicado emitido antes por el Ministerio de Aviación Egipcio señaló que el hombre dijo tener un cinturón con explosivos.
El avión aterrizó en el aeropuerto de la ciudad costera de Larnaca, en Chipre, también en el Mediterráneo. El Ministerio de Aviación Civil egipcio explicó en una nota que entre los extranjeros a bordo había ocho estadounidenses, cuatro británicos, cuatro holandeses, dos belgas, dos griegos, un francés, un italiano y un sirio. Otros tres extranjeros no pudieron ser identificados.
Fathi no dio las nacionalidades de los que según en el interior de la aeronave y parecía a la defensiva al ser preguntado por las medidas de seguridad en el aeropuerto de Alejandría, respondiendo repetidamente a periodistas que debía proteger alguna información por el interés de las negociaciones con el secuestrador.
Los pasajeros liberados por el secuestrador bajaron con calma de la aeronave por una escalerilla, llevando su equipaje de mano, y entraron en un autobús aparcado a un lado del avión. La seguridad en el aeropuerto era estricta, con la policía empujando en repetidas ocasiones a equipos de televisión que trabajaban en el exterior de la valla del recinto, cerca de donde estaba estacionado el aparato.
Los agentes evacuaron además la cercana playa Makenzy, próxima al aeropuerto y muy popular entre los turistas. No estuvo claro de inmediato el motivo.
Un avión egipcio voló más tarde a Larnaca para poder trasladar a los pasajeros liberados, según funcionarios.
El secuestro plantea nuevas dudas sobre la seguridad en aeropuertos egipcios, cinco meses después de que un avión ruso se estrelló sobre la península del Sinaí minutos después de despegar de Sharm el-Sheikh, un centro turístico en el mar Rojo. Las 224 personas que iban a bordo fallecieron en el choque. Rusia dijo más tarde que un artefacto explosivo causó el siniestro y el grupo extremista Estado Islámico dijo haber derribado la aeronave.